秦军大多是强迫入伍的老百姓，谁也不愿替秦王送死，只是一个劲儿地后撤。朱序又趁机大喊：“秦军打败了”于是有人跟着喊秦军败了。不明真相的兵士闻听，拼命逃窜，自相践踏而死伤者难以计数。
苻坚已无能为力，骑着马从荒野小路逃跑，听到风声和鹤群的叫声，也以为是晋兵追来了，这就是“风声鹤唳”的来历。
淝水之战，前秦军被歼和逃散的共有70多万，唯有鲜卑慕容垂部的3万人马尚完整无损。苻坚统一南北的希望彻底破灭，不仅如此，北方暂时统一的局面也随之解体，再次分裂成更多的地方民族政权，鲜卑族的慕容垂和羌族的姚苌等其他族贵族重新崛起，各自建立了新的国家，苻坚本人也在两年后被姚苌俘杀，前秦随之灭亡。此战的胜利者东晋王朝虽无力恢复全中国的统治权，但却有效地遏制了北方少数民族的南下侵扰，为江南地区社会经济的恢复和发展创造了条件。淝水之战也成为以少胜多的著名战例，载入军事史，对后世兵家的战争观念和决战思想产生着久远影响。
淝水之战确定了南北朝的长期分裂。之后南朝宋的刘裕于公元417年入长安，但是部队将领在关中发生内讧，得而复失。450年北魏的拓跋焘从黄河北岸一路穿插，推进到长江北岸，但是北人难以适应南方气候，将士染病甚多，不能久驻。侯景反复叛变，先叛北齐而投奔南梁，后又叛梁自立为主，也曾于公元548年陷建康，不久即为部下所杀，都去统一全国的目标甚远。直到公元589年才有继承北周的隋文帝杨坚的“天下大同”“区宇一家”。至此已去淝水之战206年。