在内阁各部总长的人选问题上，唐绍仪也颇为思量。首先是陆军总长的位置问题，非常棘手。按南方革命党人的想法，黄兴既然不做内阁总理，那他作为南方军界的领袖，就应该担任陆军总长兼参谋总长。但陆军总长这么重要的职位，袁世凯岂能让革命党人染指？袁世凯的意中人乃是他的心腹大将段祺瑞，他声称：“如果段不能担任陆军总长一职，他就辞去大总统一职。”南方革命党人听后群情激奋，反非要争这个职位不可。
在这种情况下，黄兴顾全大局，自甘退让。在3月28日的南方军界会议上，黄兴公开声明自己不接受陆军总长的职位，并恳求大家不要再争。说到动情处，黄兴竟然声泪俱下，终于使这场风波平息。黄兴一生淡泊名利，其座右铭是“名不必自我成，功不必自我立，功成亦不居”，可谓是革命党人中的道德楷模，结结实实的一个厚道人。
3月29日，唐绍仪向临时参议院提交了首届内阁的各部总长候选人名单：外交总长陆征祥、内务总长赵秉钧、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、财政总长熊希龄、教育总长蔡元培、司法总长王宠惠、农林总长宋教仁、工商总长陈其美、交通总长梁如浩。
从名单上来看，外交总长陆征祥是无党派人士，是当时数一数二的外交好手；内务总长赵秉钧、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄和交通总长梁如浩是袁世凯的人马；教育总长蔡元培、司法总长王宠惠、农林总长宋教仁和工商总长陈其美是南方革命党的同志，南北双方可谓是平分秋色。
在随后的投票中，除了交通总长梁如浩因票数未过半而被被否决外，其他人选都得到顺利通过。由于交通总长
十二、袁世凯当上总统，唐绍仪南京组阁(6/7)