，袁总统却故作挽留，以示包容。原来，袁世凯并不懂什么政党内阁、超然内阁，不过希望延揽天下英才为我所用，如果大家都辞职，反是拆他的墙脚，显得他没有威信。因此，袁世凯挽留的态度还是很诚恳的，他还不想这么快就与同盟会决裂。
但同盟会对此却不以为然，他们认为陆征祥内阁也就是个过渡内阁，因为过段时间后参议院需要重新选举（由临时参议院变成正式国会），届时由胜出的政党进行组阁，内阁中全是一党，岂不更方便？当时同盟会中持这种想法的人不少，宋教仁便是其中最坚决的。
为了表示辞职的决心，蔡元培等人写信给新任内阁总理陆征祥，称同盟会国务员在7月14日后不再到部办公，同盟会员也不再参加新的内阁。在同盟会员去意已决的情况下，袁世凯于7月14日签署命令批准了蔡元培等人的辞职，同一天被免职的还有交通总长施肇基（交通总长原是唐绍仪兼任，后由唐绍仪的亲戚施肇基出任，这次自然是与唐绍仪同进退）及财政总长熊希龄，而工商总长陈其美一直没有上任，自然也被免职。当然，内务总长赵秉钧、陆军总长段祺瑞及其海军总长刘冠雄这三人却仍旧巍然不动。
至于新总理陆征祥，他开始并不是袁世凯的最佳人选，只是因为徐世昌不肯出山也不能通过，这才被袁世凯推到了前台。陆征祥常年在国外办外交，外交是把好手，但他对于内政却是一窍不通，因此他对组阁也缺乏信心，好在袁总统答应帮他物色新的内阁总长人选，陆征祥这才答应出任总理职务。
尽管同盟会声明不再参加新内阁，但袁世凯不知是真的爱才如命还是故意挑拨同盟会内部的关系，他非得提名同盟
十四、陆征祥组阁难产，袁世凯多重斡旋(3/10)