统制，而且兼任各随营学堂的监督和总教习，培养了大批的军事人才。在攻打武昌革命军的时候，冯国璋因为没能很好的领悟袁世凯的旨意（冯国璋当时还想忠于清室而并不赞成共和），后来便被袁世凯调回京城，改由段祺瑞担负前线指挥重任。段祺瑞倒是真心拥护共和的，于是在袁世凯的逼宫行动中扮演了很重要的角色，帮了袁世凯的大忙。
民国建立后，段祺瑞继续受到袁世凯的重用。尽管当时内阁总理像走马灯一样的更换，但段祺瑞担任的陆军总长却一直巍然不动。在“二次革命”的时候，段祺瑞还亲自代理国务总理，组织战时内阁并一举击败南方革命党人。中国有句古话说得好，“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹”，袁世凯巩固了自己的势力后，他发现段祺瑞在北洋军中也已自成一派，而段祺瑞为人刚愎自用，很多事情不向袁世凯请示便自行决定，提拔的军官也大多是自己的学生部属。如此以往，恐有军权旁落的危险。
1901年，在段祺瑞的原配夫人去世后，袁世凯为了笼络这位干将，将自己视同己出的义女张佩蘅介绍给段祺瑞作续弦，两家女眷来往非常密切，袁世凯的子女有时候也叫段祺瑞姐夫的。但在民国以后，段祺瑞与“太子”袁克定的关系一直不和，他对于袁克定试图插手军队的企图十分反感，而袁克定则利用各种机会在袁世凯的面前诋毁段祺瑞“擅权”、“图谋自立”等。时间久了，袁世凯终于起了疑心，后来便设立了陆海军大元帅统帅办事处，委派其侍从武官荫昌、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、海军司令萨镇冰、参谋次长陈宦等人为办事员，并请出王士珍出来主持常务，一切军政要务均需报袁世凯定夺。
二七、窝里反，二陈汤，皇帝友人不买账(7/18)