永历上位后，封他为武英殿大学士，吏部尚书。丁魁楚自恃有拥戴之功，整日只知受贿卖官，派军士在肇庆灵羊峡一带挖掘端砚老坑石头，制作精美砚台玩赏、珍藏。
而且为他老妻找寻了不少奇异宝玉。他老妻每到天气好时，将那些饰物佩在身上，去郊外游玩，所见者，无不羡慕。
李成栋攻陷广州后，丁魁楚第一个获知消息。他不慌不忙，隐匿不报，派亲信家仆携黄金三万两及大量奇珍异宝向李成栋示好，随时准备降清。
李成栋很高兴，写信给丁魁楚，对他这种投奔光明事业的态度大为鼓励，暗示“到时自有安排”。因此，当永历众臣大溃逃之际，丁大学士成竹在胸，把几年来搜刮受贿的财物装满四十只大船，在江面缓缓而行……
在船头，他面对着涛涛江水，很随意地赋诗一首……然后感叹道：
知我者，其惟《春秋》乎！罪我者，其惟《春秋》乎！
江水无语，缓缓流淌，全是水啊……
李成栋攻下梧州后，丁魁楚又在途中得到李成栋亲笔信，要他过来主持两广政务。
丁大学士大喜过望，急速命船夫加紧赶路，往梧州进发。
目的地将至，就见李成栋骑马赶至岸边迎候，设大宴款待丁魁楚父子（丁魁楚本有三子，因战乱病亡死掉两个，现只剩一子）。
欢饮之间，李成栋搂着丁大学士肩膀，亲热地说：“东南半壁江山，就靠老先生您与我两人支撑啊。”并表示转天早晨就要择一吉时举行封授仪式，向丁魁楚正式移交两广总督的印信。
丁魁楚被感动得一塌糊涂，临别时老泪纵横。
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