岛又出现一则传闻：大明皇帝有意占领菲律宾以获取这里的黄金。
这一传闻源自一名在吕宋生活多年的木匠，他称吕宋有一机易山，“其上金豆自生”。
万历皇帝便信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对明政府颇为忌惮，何况菲岛明人众多，因此疑心大明想“开疆裂土”。
随着排明情绪渐浓，西菲当局欲迫害甚至屠杀明侨的意图越来越明显。
这一切最终导致了1603年的大屠杀。
1603年10月3日，不愿坐以待毙的明侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了41天。起义很快演变成一场大屠杀。
在当局的煽动和蒙骗下，包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计，至少2万明侨在这次动乱中被杀。
大量屠杀明侨对菲律宾本土经济产生了致命的影响。
由于畏惧，明商们不敢来此地了。马尼来市场上的物资顿时开始匮乏、经济开始萧条。当局财政状况严重恶化，甚至需要借贷度日。
西班牙人忧心明人的商船不再到来，连带着，会令遥远的美洲受到波及。
让他们更大的恐惧是，他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备，但此时的军队士气低落，口粮严重不足。
当时殖民者们只能心惊肉跳地等待，马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。
那时的西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分发还明侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福
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