朝，汉朝另设置戍已校尉、戍部候等行政、军事、机构，对当地的少数民族上层人物封以王、侯、将、相、大夫、都尉等官职，他们均受西域都护府的管辖。
西域从汉武帝刘彻时起属于汉朝，西域三十六国是婼羌、楼兰（鄯善）、且末、小宛、精绝、戎卢、扜弥、渠勒、于阗、皮山、乌秆、西夜、子合、蒲犁、依耐、无雷、难兜、大宛、桃槐、休循、捐毒（今乌恰县）、莎车、疏勒、尉头、姑墨（今阿克苏县）、温宿（今乌什县）、龟兹（今库车县）、尉犁、危须、焉耆、姑师（车师）、墨山、劫、狐胡、渠犁、乌垒，三十六国中，一部分是游牧部落，另一部分是城郭之国，当时于阗、焉耆、疏勒是西域三大强国。
西汉末年，王莽篡位，中原骚乱，匈奴乘机统治西域，各族人民不堪敛税重苛的虐待，向东汉武帝请求三次，十八国国王以送儿子到洛阳学习当人质真诚誓言，要求内属中原，刘秀在立足未稳之时，十分不情愿的将西域都护府迁往龟兹乾城（今新和县境内）。
西汉时，都护为加于其他官号上的职称，多以骑都尉领其职，秩比二千石，东汉时为单任官职，武帝、昭帝时常在渠犁、轮台屯田，置使者校尉领护，以供应往来使者，宣帝地节二年，遣侍郎郑吉屯田渠犁，与匈奴争车师，有功，迁卫司马，使护鄯善以西“南道”诸国，至神爵二年，匈奴日逐王降汉，使郑吉发兵迎之，“北道”亦通，遂以郑吉为骑都尉，兼护车师以西“北道”诸国，因总领南北两道，故号都护，都护之置始于此，西汉时，都护治乌垒城（今新疆轮台东北），与渠犁田官相近，屯田都尉属都护，都护开幕府，属官有副校尉，秩比二千石，丞一
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