决意使用武力，强行推行“改土归流”。
算水西安氏在内，能搬上台面的大土司战败的，共有三十四家。
针对这三十四家比较大的土司，朱由校首先下谕，对奢家、安氏这两个罪魁祸首斩尽杀绝，老少不留。
其余如武定张氏等，只诛首恶，保证不再旧事重提，稍定人心。
奢崇明掌管的永宁宣抚司，这次之后，朝廷将取消其建制，将永宁宣抚司全部土地并入叙州，设立叙州府，由朝中委派流官治理。
自此，永宁宣抚司，彻底成为历史。
参与叛乱的土司，不论大小，皆取消其后世承袭宣抚使的资格，但若考学合格，可以允许在西南地区任州、府流官。
这就涉及到一个重要的政策，即在西南地区开办讲学，消灭土司文化。
有力无处使的东林士子们，还有地方上等待补缺的进士、生员们，都要来这边历练一番，美其名曰：
大明需要你们的时候，到了！
甚至朱由校还规定，有功名在身想要做官的，在西南地区讲学两年之后，朝廷一定给你安排补缺。