后来，佛教逐渐占居上风，摩尼教与佛教相比已经微不足道，中原的摩尼教则不得不依附佛教、道教以自存，逐渐演变为一种秘密宗教，通常被称为明教。
逃脱会昌法难的摩尼教呼禄法师来到福建，“授侣三山（福州），游方泉郡（泉州），卒葬郡北山下。”福建成为摩尼教在中国南方继续传播的主要源头。
到了宋代，摩尼教已完全汉化并演变为明教（或明尊教）。宋代明教将原摩尼教教义要旨简单地归纳为“清净、光明、大力、智慧”八个字。
为了迎合民间的需要，更加发挥其追求光明、善良、俭朴、友爱的道德观念，因而颇得人心，使之流传甚炽。
北宋宣和二年，方腊以摩尼教（后来的明教）为旗号，利用陈硕真的“天子基”与“万年楼”，于睦州（后世六甲岭上搁船尖），发动了大规模的农民起义，在六甲岭上设置完整的“五府六部”明教社会。
方腊发动的大规模农民起义，使得赵佶君臣大为震惊，然后严厉镇压各种宗教结社，重立禁约，止绝江浙“吃菜事魔”之徒，连带根究温州明教，毁拆其斋堂，惩办为首之人，悬赏奖励告发。
可即便是这样，仍然没能杜绝摩尼教。
据韩擎所知，钟相杨幺起义，王念经的衡州起义、东阳县和信州贵溪的“魔贼”起义等，都是摩尼教的手笔。
韩擎如果现在就灭了赵构接手东南地区，就得立即去面对这如疥癣之疾一般明教起义，就得自己亲自派兵去镇压裹挟了大量无辜百姓的明教起义或是其他起义。
这样的话，韩擎就得自己向无辜平民举起屠刀，于自己名声不好，关键
第一百五十章 勒索赵构（上）(3/4)