使双方的经济利益矛盾进一步深化。双方都想建立一个拓展的市场，以销售他们新兴的产品，但新加坡不愿放弃自由港地位，而联邦则不希望降低关税壁垒，在相互维权中彼此更埋下了不满的种子。
在政治上，两地也有很大的分歧。1963年，在中央政府的支持下，巫统（马来人政党）、马华国会和国大党组成联盟党参加了新加坡州选举，但这次选举他们未得一席，原有的选举也被人民行动党夺取。1964年3月，联邦政府举行大选，人民行动党也以高调的姿态参与这次大选，以期更快地融入马来西亚联邦。但这次举动却招来联邦政界的不满以及敌视，人民行动党也在选举中惨败。不久，因为巫统的煽动以及印尼特务的挑拨，新加坡爆发了严重的种族暴乱，马来主义情绪再度泛起。一些激进的马来人甚至将李光耀视为敌人，认为他是反马来人的社群主义者，威胁到他们的宗教和文化。
东古·拉赫曼马来西亚第一任总理，被尊为“马来西亚国父”，大力促成马来西亚联邦的成立。
1964年7月29日，李光耀来到贫民区发表演讲，指责东古·拉赫曼与联邦政府试图推行“种族沙文主义”。
鉴于这种局面，首相东古·拉赫曼担心华人会逐步进入马来西亚的政界，主宰这里的政治和经济环境，破坏马来人的绝对领导权。于是，他决定将新加坡“踢”出马来西亚联邦，以保证马来族的统治。1965年8月，中央政府召开国会，修改宪法，以126票的赞成票将新加坡逐出马来西亚。于是新加坡在被动的状态下成为一个有主权的、民主、独立的国家。
独立治国
“新加坡
第二章 建国历程(19/22)