在讨论协定草案时，南京代表团对草案提出了四十余条意见，中共方接受了二十余条。例如战犯问题，南京方面是很关心的。毛**在4月8日致李宗仁电中就谈到:“贵方既然同意以八项条件为谈判基础，则根据此八项原则以求具体实现， 自不难获得正确之解决。战犯问题。亦是如此，总以是否有利于中国人民解放事业之推进，是否有利于用和平方法解决问题为标准。”
讨论协定草案时，南京代表团对战犯问题争得很厉害，主张不要将战犯问题写入协定。我方照顾他们的意见，将战犯分为两类，对其中怙恶不悛者，应于从严惩办;而“一切战犯，不问伺人，如能认清是非，翻然悔悟，出于真心实意，确有事实表现，因而有利于中国人民解放事业之推进，有利于用和平方法解决国内问题者，准予取消战犯罪名，给以宽大待遇。”
除战犯外，对于国民党军队官兵及国民党**工作人员，决议修正案也表示了予以宽大处理的精神，其它各项问题也在认真听取南京代表团的意见后，作了适当的解决。
谈判中，中共方代表团还主动向他们保证，若李宗仁**接受和平协定，中国共产党将负责同各****协商，接受他们以及南京**方面若干人参加新的****会议，也参加联合**。
4月14日，周恩来向在北平的部分民主人士报告第一次谈判的经过以及南京代表团对《国内和平协定》草案的意见，并广泛征求民主人士的意见。
沈钧儒、马叙伦、黄炎培、谭平山、彭泽民、蔡廷锴等人先后发了言。他们的意见很集中，认为中共方已作出了不小的让步，《国内和平协定》草案之宽大
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