军国庶事之后，忽必烈所实行的一系列措施使中原地区得到了初步的治理，人口不断增加，经济慢慢恢复，为他夺取政权奠定了经济基础。
忽必烈采用汉法治理汉地，损坏了那些蒙古游牧贵族和西域商人的利益。他在中原威望的日增，在治理陕西、河南过程中大量财力、物力的积聚，又形成了对蒙哥汗权的威胁。
忽必烈的日益壮大，引起了哥哥蒙哥的疑虑。1257年，蒙哥借口忽必烈刚打完仗，又患有脚疾，让他留在家中休息，而以塔察儿为左翼军统帅，解除了忽必烈的兵权。不久，蒙哥又突然决定亲征南宋。忽必烈处境十分不利！当时，忽必烈虽身为藩王，调动军马及粮饷的权力却都在蒙哥手里，因而断难与他一决雌雄。不得已，忽必烈听从了姚枢的建议，将妻子、儿女送去做人质，表示自己并无异志。随后，忽必烈又亲自谒见蒙哥。兄弟相见之下，蒙哥尴尬万分，终于消除疑虑。忽必烈也撤销了设在邢州、陕西、河南的机构，调回了自己派出的官员。这样，忽必烈以谦恭忍让保全了自己，避免了一场不测之祸。
但是，忽必烈并没有放弃控制中原汉地的雄心。后来，蒙哥因塔察儿军事失利，又命忽必烈重新征宋。在征宋的过程中，忽必烈又重新把大权控制在自己的手中。
公元1259年春天，蒙哥兵分三路，南下灭宋。他亲率一队主力进入四川。农历八月，蒙哥在合州遭到守将王坚的顽强抵抗，双方激战多日，蒙军受到重创。这时，忽必烈正率领军队，越过淮河，准备强渡长江。不久，忽必烈接到消息，蒙哥在合州攻城时被宋朝军队炮石击中，死于军中，请他速速北返。
忽必烈思索再三，决
南宋灭亡(3/7)